GIMPのメニューバーから[フィルタ]-[アニメーション]-[差分最適化]をするとアニメーションに不要な部分を消し去ったデータを作ります。
上が元になったmawaru.xcf。下が最適化されたものです。見た目は代わりませんがレイヤーダイアログを見るとわかります。
レイヤーダイアログをみると、一つひとつのレイヤーが、前のコマと次のコマの異なる部分だけが抽出されています。レイヤーを一つ重ねると前の画像と異なる部分だけがこのレイヤーで隠されて次のコマになるようになっています。異なる部分を抽出することを「差分をとる」といいます。
GIMPのメニューバーから[フィルタ]-[アニメーション]-[GIF用最適化]をするとアニメーションに不要な部分を消し去り、GIF用に色数を落としたりGIF形式にした時にデータ量が少なくなったり表示が速くなるように最適化したデータを作ります。
これもレイヤーダイアログでわかります。